医療費控除は年末調整で申告できないの？正しい申告方法を解説！

記事監修者紹介

松葉　直隆 大学卒業後、損保ジャパン日本興亜代理店の保険会社にて5年以上勤務し、年間100組以上のコンサルティングを行う。 その後、2016年6月より保険ブリッジの記事監修を務める。

医療費控除とは、ご自分および世帯の方々が医療機関で支払った医療費等を申告すれば、所得税・住民税の負担が軽減される所得税控除の一つです。

平成29年（2018）年から申告の際の必要書類が変更され、それに応じた書類作成および提出の方法で行う必要もあります。

そこで今回は、医療費控除の申告は年末調整で行えるのか？正しい申告方法は何か？について解説します。

この記事を読めば、医療費控除の正しい申告方法と、申告の際の注意点についておわかりになることでしょう。

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医療費控除について

今年は結構、私や妻子が医療機関にかかる機会も多かった。

公的医療保険は3割自己負担とはいえ、医療機関へ向かう場合の交通費等もナカナカの負担になる。

そんな時に役に立つのが「医療費控除」です！

こちらでは、医療費控除とは何か？その特徴について解説します。

医療費控除とは何？

医療費控除とは、1年間にご自分も含めた世帯員の支払った医療費を申告すると所得税・住民税の負担が軽減される所得控除の1つです。

医療費控除を行う際には、ご自分の申告だけではなく家族にかかった医療費を合算して申告することも可能です。

合算できる方々の範囲は、ご自分および生計を一にする6親等内の親族および3親等内の姻族までとなります。

生計を一にしていれば、意外にその対象となる方々が幅広く該当することになります。

なお、最も所得税率の高い人が該当する方々の医療費を合算し、医療費控除の申告をすれば高い節税効果が期待できます。

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医療費控除の特徴

医療費控除では公的医療保険の適用外になる医療費も、控除対象になる場合があります。

ご自分や家族が治療を受けるために利用したサービス、例えば医療機関に通院するための移動手段として使用した交通費、主として美容のために利用するレーザー脱毛を、外科手術の治療で手術の妨げになる体毛除去に用いる場合等が費用の控除対象となることもあります。

この医療費控除は、最大で200万円の還付金が受け取れますが、次の条件があります。

医療費控除の計算式は次の通りです。

実際に支払った医療費の合計額－補填される金額（※）－10万円（総所得金額200万円未満の人は総所得金額の5％）

控除対象になる医療費

次のような医療費が控除の対象になります。

医療機関での治療等

医師が治療として必要と判断したなら、あん摩マッサージ指圧師、はり師、きゅう師の施術も対象となる他、保険適用外となる自由診療や先進医療も対象となる場合があります。

出産関連

助産師の分べん介助

医師より妊娠と診断されてからの定期検診・検査等の費用、医療機関への通院費用も該当します。

ただし、入院の場合に妊婦側が準備する寝巻き、洗面具など身の回り品の購入費は医療費控除の対象となりません。

介護関連

介護保険が適用されるものの、介護サービスを受ける側の自己負担分も適用対象です。

通院費（交通費）・治療に必要な道具等

通院費（交通費）は控除対象ですが、患者の病状等と比較して利用車両の交通費が不相当に多額の場合は対象外となることもあります。

義手、義足等も控除対象ですが、あくまで医師が治療のために必要と判断することが控除の条件といえます。

負担金

斡旋や保健指導という、本来ならば医療行為とは言えない場合でも、治療との関係性が高いと判断されているこれらの負担金も控除対象になります。

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医療費控除と年末調整

医療費控除は公的医療保険よりも幅広い医療費が対象なので、税金の軽減へ非常に期待が持てる。

私は会社員なので医療費控除を行う場合、年末調整で申告が可能なのだろうか？

こちらでは、年末調整とは何か？医療費控除は年末調整で申告できるかどうかを解説します。

そもそも年末調整とは

年末調整とは、事業所に勤務する給与所得者の所得税額について、年末に1年間の所得・給与所得者個人の生活事情と照らし合わせて再計算し、その過不足額を調整する方法です。

年末調整は事業所を通じて所得を申告する方法なので、給与所得者にとっては簡易な方法で申告可能であることが特徴です。

この年末調整は会計を外部委託していない限り、事業所の総務課や経理課等が担当します。

年末調整を行うのは給与支払者の義務なので、各給与所得者が提出したものの正しさを事業所内でしっかり確認することになります。

年末調整で申告できるもの

年末調整で控除できるものは次の13種類です。

医療費控除は年末調整で申告できない

前述した次の13種類の控除の中に医療費控除は含まれておらず、残念ながら年末調整で申告できる所得控除になっていないことがわかります。

医療費控除を申告する場合は、基本的に確定申告で行うことが必要です。

給与所得者は年末調整の申告に慣れていても、自営業者・自由業者等が行う確定申告は馴染みがなく書類への記載や、提出方法に戸惑うことが予想されます。

第3章以降では、確定申告の特徴や平成29年度からの変更点、申告方法等について解説していきます。

医療費控除と確定申告

医療費控除は確定申告で行う

確定申告とは税務署に申告して所得税額を確定する方法です。

まず個人の場合、その年の1月1日～12月31日を課税期間として、その期間内のご自分の収入・支出、医療費、寄付、扶養家族状況等から所得を計算します。

その後、申告書等を税務署へ提出し、納付しなければならない所得税額が確定します。

申告する期間は、毎年2月16日～3月15日での1ヶ月間となります。

申告の期日が土曜日・日曜日と重なった場合、順次繰り下げて月曜日までとなります。

医療費控除は基本的にこの確定申告で行うこととなります。

そのため、年末調整で済ませてきた給与所得者にとっては、慣れない申告手続きのために困惑してしまうことも考えられます。

平成29年度からの変更点

平成29年度から記載方法・提出する書類、保管する書類について変更があります。

次の3点に注意しましょう。

医療費控除の明細書

医療費控除の明細書は、1年間にご自分やご自分の世帯員にかかった医療費の明細をまとめる書類です。

この書類は国税庁のホームページや各税務署の窓口で取得します。

この書類に記載すれば、医療費関する領収書・レシートを申告の際に提示する必要はありません。

医療費通知が申告手続きに使用可能

健康保険または国民健康保険の保険者から送付された「医療費のおしらせ」のことです。

この通知は医療機関を受診した加入者個人へ、年1回～6回送付されます（保険者によって送付回数は異なります）。

ただし、医療機関を受診した人がいなければ、ご自宅へこの通知が送付されることはありません。

次の項目が記載されていれば、医療費控除の明細書の記入を一部省略することができます。

領収書の保管

税務署で明細書を提出すれば領収書の提示は必要なくなりましたが、即座に廃棄してよいわけではなく、申告者等が5年間大切に保管する義務があります。

なぜなら5年の間、税務署側が申告内容に疑義を持ち領収書の提出を求める場合もあるからです。

明細書の書き方

医療費控除の明細書には、領収書・レシートの他、前述した医療費通知分も転記することになります。

その場合には、医療費通知と、ご自分の保管していた領収書・レシートの内容と重複して転記することがないように、領収書の内容を確認しながら記載しましょう。

医療費控除の明細書に記載する事項は次の3点となります。

医療費通知に関する事項

こちらの事項は次の欄に医療費通知の内容を記載していきます。

(1)「医療費通知に記載された医療費の額」欄

ご自分が負担した医療費の合計額を記載します。

お知らせが複数送付された場合、その全てを合計し記入しましょう。

(2)「⑴のうち、その年中に実際に支払った医療費の額」欄

⑴の医療費で、その年中に実際支払った医療費の合計額を記載します。

医療費通知に記載された金額は、実際に支払った金額と異なる場合もあるので、その際には領収書の金額を優先します。

(3)「⑵のうち、生命保険や社会保険などで補塡される金額」欄

生命保険契約、損害保険契約等で受け取った保険金・給付金、高額療養費制度を活用し戻ってきたお金、出産育児一時金の金額を記載します。

なお、保険金などで補塡される金額は、その給付の目的となった医療費分の金額からだけ差し引かれるので、その給付の目的と関係のない医療費からは差し引かれません。

医療費（上記1以外）の明細

こちらの事項は次の欄に医療費通知以外の内容を記載していきます。

医療費通知との重複に注意して、領収書から必要事項を転記していきます。

控除額の合計

控除額の計算を行い最終的に医療費控除額を算出します。

そこで、誤解をまねきがちな計算として上記「1」「2」双方の欄にもある「生命保険や社会保険などで補塡される金額」があげられます。

こちらの差引額を踏まえた事例をあげて、控除額を計算していきます。

[1]まず支払った医療費を確認する

もしも、1年間に申告する医療費が1つの病気またはケガのみであったならば、「生命保険や社会保険などで補塡される金額」で医療費が全額補填される場合、医療費控除額は0となり、還付金を受けることはできません。

ただし、支払った医療費が2つ以上ならば、まず保険金（給付金）等の請求原因となった医療費と、請求した保険金（給付金）等とは関係ない医療費を分けて計算することになります。

[2]実際に計算してみる

事例を挙げて計算してみると次のようになります。

（例）

医療費控除対象者

51歳男性（会社員）

年収630万円

1年間の医療費

A病院：炎症性多発性関節障害により27日間入院治療（医療費87万円）

B医院：医療費控除の対象となる自由診療の白内障手術（医療費56万円）

下りた保険金（給付金）は次の通りです。

A病院の入院治療→90万円分の給付金が支給

B医院の自由治療→給付金なし

①まずA病院の入院治療（医療費）で、生命保険会社から支払われた90万円分の給付金を計算します。

A病院の医療費87万円－給付金90万円＝-3万円

-3万円なので0円となります。

②この場合は、B病院の医療費56万円分だけ依然として残っていますが、年収600万円の人なので10万円を更に差し引きます。

（A病院の医療費0円＋B病院の医療費56万円）－10万円＝46万円

46万円が医療費控除の対象になる金額です。

ただし、46万円全てが還付金として受け取れるわけではありません。

課税される所得金額によって還付金の額は大きく変わることになります。

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確定申告の方法

医療費控除の明細書の計算はなかなか複雑だが、1年間に私の世帯で結構な金額の医療費を支払っている以上、税負担軽減のために是非利用したい。

確定申告の手順や必要書類について詳細を知りたい・・・。

こちらでは、確定申告の手順・必要書類、確定申告できなかった場合の対応について解説します。

確定申告の手順

次のような手順で確定申告を行いましょう。

申告期間までに余裕をもって必要書類を準備し、申告期間内になったらできるだけ速やかに申告しましょう。

確定申告の必要書類

必要書類は次の通りです。

各ケースによって添付する書類も追加されます。

基本的な提出書類

どなたでも共通して提出しなければならない書類は次の通りです。

確定申告書

国税庁のホームページ・各税務署窓口で取得します。

書類には押印を忘れずに行いましょう。

医療費控除の明細書

ご自分の世帯で1年間にかかった医療費の明細をまとめる書類です。こちらも国税庁のホームページや各税務署で取得します。

ただし、どうしても明細書の記載が難しいならば、平成31年までは明細書ではなく領収書を窓口に提出または提示しても構いません。

本人確認書類

マイナンバー（個人番号カード）がある場合：マイナンバー（個人番号カード）の両面の写しを貼付した添付台紙が必要です。

マイナンバー（個人番号カード）が無い場合：次の両方を準備することが必要です。

職業や各ケースによって必要な提出書類

源泉徴収票

給与所得者の場合のみ必要です。

ご自分の勤め先から取得しましょう。

医療費等の領収書・レシート

平成31年までなら明細書に代えて領収書・レシートを添付または提示しても構いません。

医療費通知

前述した明細書の「医療費通知に関する事項」に記載したならば、医療費通知（原本）を添付する必要があります。

オムツ使用証明書

寝たきりの人のオムツ代を控除対象とする場合、医師の発行したオムツ使用証明書の添付または提示が必要です。

温泉療養証明書

温泉利用型健康増進施設の利用料金を申告したい場合に、添付または提示が必要になる証明書です。

運動療法実施証明書

指定運動療法施設の利用料金を申告したい場合に、添付または提示が必要になる証明書です。

ストマ用装具使用証明書

ストマ用装具の購入費用を申告したい場合に、添付または提示が必要になる証明書です。

医師の診断書

Ｂ型肝炎患者の介護に当たり、同居の親族が受ける同ワクチンの接種費用を申告したい場合に、添付または提示が必要になる診断書です。

処方箋

白内障等の治療に必要な眼鏡の購入費用を申告したい場合、添付または提示が必要になる書類です。

医師によって白内障等一定の疾病名と治療を必要とする旨を記載された内容であることが条件です。

在宅介護費用証明書

市町村または認定民間事業者による在宅療養の介護費用を申告したい場合に、添付または提示が必要になる証明書です。

確定申告できなくても還付申告がある

何らかの理由で提出が確定申告期間に間に合わなくても、医療費控除以外に申告するものが無いならば、「還付申告」で申告しても問題ありません。

還付申告の場合は、確定申告期間とは関係なくいつでも医療費控除の申告ができます。

なお、この申告の猶予期限は還付金が発生した翌年から５年以内とされています。

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複数人に担当してもらうメリット

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医療費控除の注意点・その1

私の場合、医療費控除は何とか確定申告で提出できそうだ。

しかし、書類も多くナカナカ簡単な作業ではない。

申告の際、注意しなければならない点があれば是非詳細を知りたい・・・。

こちらでは、記載や領収書の保管に関しての注意点を解説します。

医療費通知だけを過信しない

医療費通知があると申告の際に大変便利ですが、お知らせの内容に次のような記載があれば注意も必要です。

例えば「平成30年3月以前に発送した医療費のお知らせについて、確定申告時の資料として使用できません。」という内容です。

この内容が記載されていれば、平成30年3月以前の通知書は医療費控除の内容を証明する書類となりません。

また、医療費通知の金額と、医療費支払いの際に受け取った領収書の金額とが異なっていた場合、領収書の金額が優先されます。

そのため、医療費通知があるからといって即座に領収書を破棄することは避けましょう。

領収書はしっかり保管する

医療費控除はご自分や世帯員にかかった医療費を全て合算して申告できます。

ただし、申告した医療費分の領収書は大切に保管しなければなりません。

そのため、ご自分や家族の医療費を、支払った月別にクリアファイルに入れ、1年ごとにそのファイルを収納フォルダーまとめた上で保管しておくことが良いでしょう。

その際に、保管用に使う引き出しを決めていれば、ファイルや収納フォルダーごと紛失するということはなくなります。

日ごろから一家の大黒柱であるご主人が、妻や子にかかった医療費の領収書を集めて保管することがおすすめです。

領収書がなかったら

領収書を紛失した場合、まずご自宅を探すことが先決です。

それでも見つからない場合は、医療機関側に再発行を依頼しましょう。

どの医療機関でも再発行に応じてくれるとは限りませんが、大きな医療機関や、領収書をコンピュータ化して管理している医療機関では対応してくれる場合もあります。

その場合には、「領収額証明書」または「支払証明書」という形で、医療費を証明する書類が発行することになります。

しかし、この証明書の発行は有料となり、医療機関によってそれぞれ料金が異なります。

手数料によっては数千円に上ることがあるので、控除申告で還付されるお金と、どちらが高いかを計算してから再発行を依頼しましょう。

また、医療機関へ向かうことに利用した公共交通費の場合は、そもそも領収書の取得が難しいこともあります。

その場合には、ご自分で明細（一覧表）を作成し大切に保管しましょう。

セルフメディケーション税制との併用は不可

セルフメディケーション税制は平成29年（2017年）1月1日からはじまった医療費控除の特例です。

セルフメディケーション税制は、一部の市販薬を購入した際に所得控除が受けられる制度です。

この制度の対象となる市販薬を、年間1万2,000円を超えて購入した分から申告対象となります。

一見すると、医療費控除と合わせて申告すれば非常にお得と言えますが、残念ながら医療費控除との併用は認められていません。

そのため、医療費控除またはセルフメディケーション税制のどちらで申告するかを決める必要があります。

医療費控除の注意点・その2

給与所得者であっても、初めての確定申告でスムーズに手続きできるなら問題ないが、やはり記載ミス等のトラブルは付きものだろう。

このトラブルに対処する方法について詳細を知りたい・・・・。

こちらでは、申告の際に困ってしまうケースの対処方法を解説します。

申告で困ってしまうことも

特に給与所得者の方々は慣れない確定申告で、記載ミスや申告の内容に関して、その判断に迷うこともあるでしょう。

次のようなケースが想定されます。

訂正申告で対処する

確定申告期限内に誤りを訂正したい場合、申告手続き自体は前に行った確定申告と同様です。

この段階で訂正したならば、税務署より何らかのペナルティを受けることはありません。

更正請求で対処する

確定申告の後に、税金が軽減されるとわかったなら「更正の請求」を行います。

この請求は「更正の請求書」で行います。

この更正の請求を行う場合は、法定申告期限から5年以内に税務署の窓口へ提出する必要があります。

更正の請求をしなくても税務署からペナルティが課せられるケースはほとんどありません。

ただし、ご自分が還付金を受けられる機会も逸することになるので、還付を受けたい場合は必ず申告しましょう。

修正申告で対処する

税金を少なく申告していた場合が該当します。

こちらの場合は「修正申告書」を提出する必要があります。

誤りに気づいたら速やかに申告することが必要です。

なぜなら放置すればそれだけ延滞税がかかってしまうからです。

申告の際にはこの延滞税を含めて納税を行う必要があります。

更に、税務署の調査を受けた後で申告すると、新たに納めることになった税額の他、過少申告加算税がかかるケースもあります。

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まとめ

医療費控除の行う場合には確定申告が必要です。

申告に慣れていない方々には簡単な作業といえませんが、正確かつ正直な記載が求められます。